Gammel barskog
Definisjonen på på hva som er gammel skog kan nok variere litt, men for rikere granskog i lavlandet bør de eldste trærne vær minst 100 år gamle, samt at skogen ikke har vært flatehugget. Slike skoger pleier å være levested for mange truede arter. Stabiliteten og alle nisjene av ulike miljøer gir grunnlag for et stort artsmangfold i slike skoger.
Flere ulike elementer kjennetegner gammelskogen. Som regel vil det her være innslag av svært gamle trær. F.eks. kan ei gran bli 400-500 år gammel, selv om det ikke er vanlig. Slik trær vil være forskjellig fra unge trær. Barken blir furete og grov, greinene blir tykke, og veksten avtar. Treet blir et mer stabilt miljø i seg selv. Mange spesielle lav og insekter vil man kunne finnes på slike trær.
Når trær dør er det begynnelsen på et nytt livsmiljø, både som stående døde trær og liggende døde trær (kalles læger). Særlig mange ulike arter av vedboende sopp lever av å bryte ned trevirket, og sånn sett bidra til at næringstoffer går tilbake til jordsmonnet. Det vi gjerne kaller for kjuker (poresopper) er eksempel på slike arter. Men også mange arter insekter, f.eks biller, lever her. På fuktige læger kan man finne egne mosearter som er helt tilpasset å leve på slike stokker.
Det finnes faktisk flere arter som lever i tilknytning til døde trær enn hva det gjør til de levende trærne. I riktig gammel skog vil man gjerne kunne ha store mengder død ved, også av store dimensjoner og i alle mulige nedbrytningfaser. Her vil det være tilstrekkelig mengde med livsmiljøer til at mange arter vil kunne overleve, også de som har dårlig spredningsevne. Artene vil ha kort vei å spre seg etterhvert som stokkene brytes helt ned.
En annen viktig egenskap ved gammel skog er det man gjerne kaller for kontinuitet. At livsmiljøene har eksistert uavbrutt i lang tid. Tiden i seg selv er viktig fordi artene har god tid til å spre seg fra eventuelle nabolokaliteter. Det skjer nærmest en akkumulering av arter til skogen over lang tid (noen arter forsvinner av og til naturlig også. En skog som f.eks blir flatehugget hvert 100 år vil ikke ha tid nok til at mange arter rekker å etablerer seg. I tillegg til at livsmiljøene for mange arter ikke er tilstede i en slik skog. Jo mindre arealer og jo færre lokaliteter det finnes av gammel skog i et skoglandskap, desto større blir denne skjevhet mellom utryddelse og nyetablering. Man får en ond sirkel nærmest. Endel arter vil da stå i fare for utryddelse.
I Brekkeskogene finnes det gammel barskog, på langt nær urskog, men skogen har stått lenge nok til at man har fått kvaliteter som kjennetegner en naturskog, altså skog som har likhetstrekk med urskogen. Særlig gjelder det noen partier hvor det nå er store mengder døde trær. Mange truede arter er funnet her. En annen spesiell ting med Brekkeskogene er at jordsmonnet her er veldig rikt. Skogen står på kambriosilur som er en berggrunn hvilket gir grunnlag for spesielt god vekst. I tillegg er Brekkeskogene et lavtliggende skogområde. Slike skoger skiller seg endel fra mer høytliggende fattig gammelskog, bla med mange arter som bare finnes her. Slike skoger er derfor spesielt verdifulle. Lett tilgjengelighet og god bonitet gjør slike skoger spesielt attraktivt for skogsdrift. Gammel rik skog i lavlandet er i dag sjeldent.
Rik sumpskog
Sumpskog er skog på fastmark med høyt grunnvann hvor jorda er mettet på vann. Ofte vil det være små dammer/pytter i mellom trærne og trærne står nærmest på "tå hev" med karakteristiske sokler ved stammebasis. Slike skoger har en rekke små nisjemiljøer på korte avstander, fra fuktige forhold i forsenkninger til tørre partier på tuer og inntil trestammene. Et levested for mange arter. Spesielt for sumpskogen er den jevne høye luftfuktigheten. Et stabilt miljø som også fungerer som brannrefugi (skog som aldri brenner). Her finner man bl.a. mange krevende og sjeldne lav med dårlig spredningsevne.
Et annet trekk ved sumpskoger er at det her dannes ofte mye dødved, og store store rotvelter er vanlig. Dødved er viktig for mange truede arter, særlig for vedboende sopp, endel insekter og spesielle mosearter som vokser på fuktige læger (liggende stokker). Disse rotveltene er i seg selv også et levested for enkelte arter. I Brekkeskogene finnes sumpskog på flere steder. I tillegg er sumpskogen her rik. Kalk,- og næringskrevende plantearter dominerer. F.eks er det funnet et par bestander med Myrtelg, som er en sjelden bregneplante. Dette er et miljø som har gått kraftig tilbake, særlig i lavlandet pga omfattende grøfting. F. eks. ble det i perioden mellom 1901-2017 grøftet et areal på 4,3 milioner dekar i Norge! Hogstflater tett inntil sumpskoger vil kunne påvirke selve sumpskogen ved at miljøet blir tørrere. Såkalte kanteffekter.
Kalkbarskog
Kalkbarskog er barskog som står på en bergrunn som er veldig basisk. Ofte på kalkstein eller kalkrike skifer som man ofte finner på kambriosilurfeltene, og som det er endel av i Eiker. Man finner slik skog ofte der det er helt grunt jordsmonn, f.eks på koller og i bratte skrenter. Da kan kalkeffekten bli god. Men også sigevann kan gi grunnlag for kalkskog.
Naturtypen kan deles inn i flere undertyper, hvor de viktigste er knyttet til enten kalkfuruskog eller kalkgranskog. Kalkskog er naturlig sjeldent og begrenset til kun enkelte områder. Mellom Eikeren i nord og Mjøndalen har man et ganske stort område med mye kalkskog. Man kan kalle det for et kjerneområde for slike skoger. Spesielt med kalkskogen er at den oftest er rik, og består av en spesiell flora av både planter og sopp som et helt eller strengt knyttet til kalkskoger. Et helt eget sett med arter nærmest. Godt kjent er de ulike orkideene som vi ofte finner her. Men også mange andre planter, og ikke minst mange jordboende sopper. Særlig viktig her er alle artene av mykorrhizasopper. Dette er sopp som lever i et samliv med trærne (symbiose). Røttene til treet er omsluttet av et stort sopp mycel. Soppen forsyner treet mer effektivt med vann, og mange viktige næringsstoffer utveksles. Soppen får sukkerstoffer tilbake fra treet. Det er kun fruktlegemene til soppen vi ser over bakken. Som eplene på et epletre.
Selv om berggrunnen endrer seg lite i en kalkskog, så kan jordsmonnet og ikke minst skogen endre seg. Innenfor den store gruppen av kalksopper er det mange arter som er knyttet til eldre skog (med gamle trær) hvor skogen kun har vært plukkhogd. Her vil man ha såkalt kontinuitet i tresjikte og det er gjennom tiden opparbeidet et spesielt jordsmonn/markprofil. Mange av disse artene ser også ut til å foretrekke å vokse med trær som er gamle og som har stagnert vekst. Det er nettopp innenfor denne gruppen man finner mange truede arter. Disse artene tåler flatehogst dårlig og har liten eller ingen evne til å etablere seg i ungskogen som kommer opp etter en flatehogst. Viktige slekter innenfor disse artene er Storpigger, Korallsopper, enkelte vokssopper og Musseronger, samt mange arter innenfor den store slekta av Slørsopper (flere hundre arter bare i Norge). Dersom man ser den store omleggingen i skogbruket fra plukkhogst til flatehogstdrift (med etterfølgende tette granplantasjer), så er det lett å fortstå at mange arter er i tilbakegang. Lokalt/Regionalt er det spesielt kritisk da man nå kun har noen ganske få områder med eldre skog som ennå ikke er flatehogd. Bare for noen få år tilbake var dette arealet betydelig større. Dessuten finnes det lite kalkskog i høyereliggende barskog.
Helt unikt for Brekkeskogene er at det forsatt finnes mye gammel/eldre skog som står på kalkrik grunn. Det finnes både rene bestander med gran og furu, men også ofte i en blanding.
Kalklindeskog
Dette er en særegen og svært sjelden naturtype som kun finnes enkelte steder der forholdene er riktige. De enkelte lokalitetene er ofte små. Kalklindeskog vokser helst på tørr og kalkrik mark. Lind er dominerende treslag, men både hassel og eik inngår i naturtypen. Under varemeperioden for flere tusen år siden hadde lind en mye større utbredelse enn i dag. De gjenværende forekomstene sies derfor å være relikter, dvs restforekomster fra tidligere tider. Kalklindeskog er svært sjelden ellers i Europa. Norge er således et hovedområde for kalklindeskoger.
Lindetrær kan bli gamle, og rotsystemet kan nærmest vare evig. Mange av lokalitetene kan derfor regnes som "urnatur" med over 1000 år gamle trær og bestander.
I tilknytning til kalklindeskogene finnes en helt særegen soppflora som vokser i symbiose med lindetrærene, såkalte kalkindeskogsopper. Mer enn 100 rødlistede sopparter foretrekker slike skog. Naturtypen har gått kraftig tilbake de siste 50 år. Kalklindeskogene er derfor beskyttet etter egen lov (utvalgte naturtyper i naturmangfoldloven). I Brekkeområde finnes to store kalklindeskoger, bla. med gamle grove lindetrær.
​
Kalkberg
Dette er en naturtype som finnes på helt åpent eksponert og kalkrikt berg. Særlig i skrenter og i lodrette stup. Dette er en sjelden naturtype med flere særegne arter, særlig blandt lav, men også noen moser. I Brekkeskogene finnes naturtypen flere steder. Området er generelt kupert med bratte partier og åpnet berg flere steder. Det er gjort flere funn av svært sjeldne og trua arter lav her. Sannsynligvis er det mange flere uoppdaga forekomster i Brekkeskogene.
Rikmyr
Dette er en naturtype som har hatt en sterk tilbakegang grunnet grøfting (først og fremst).
I Brekkeskogene finnes ei rikmyr som har en av de viktigste forekomstene i Norge av den sterkt trua orkideen Knottblom.